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自動查驗通關系統是採用電腦自動化的方式，結合生物辨識 科技，讓旅客可以自助、便捷、快速的入出國，旅客只要完成自動通關申請註冊後，就可以使用。未來一旦完成註冊，即可快速通行有自動查驗通關系統之機場、港口。本項系統 可以疏解查驗櫃檯等候時間，目前美國、澳洲、日本、韓國、新加坡、香港等也有類似自動查驗通關的服務。本系統可提供民眾自助、快速、便捷的入出國通關服務，由原來查驗 時間30秒縮短為12秒，並可以臉部或指紋等生物科技過濾旅客身分，讓查驗工作更有效率且落實。系統亦可解決現行查驗人力不足問題，以科技取代人工查驗，有效提升國家形象 。
| 身分 | 應備證件一 | 應備證件二 |
|---|---|---|
| 持居留證之外國人 | 護照 | 1.外僑居留證 2.外僑永久居留證 3.就業PASS卡 (三種證件擇一) |
| 外交官員 | 護照 | 外交官員證 |
| 臺灣地區無戶籍國民 | 護照 | 臺灣地區居留證(IC卡) (臨人字入國許可) |
| 持居留證之港澳居民 | 護照 | 中華民國居留證(IC卡) 類別:臺灣地區居留入出境證 |
| 持居留證之大陸地區人民 | 大陸居民往來臺灣通行證 | 臺灣地區入出境許可證或 中華民國居留證(IC卡) 類別:臺灣地區長期居留及多次出入境證或 臺灣地區依親居留及多次出入境證 |
| 3. | 外來人口使用自動通關方式 | ||
| (一) | 持居留證之外國人(含外交官員證)或無戶籍國民： | ||
| (1) | 持「晶片護照」或「居留證」通關，透過護照機讀取辨識。 | ||
| (2) | 生物特徵識別(臉部辨識與指紋辨識)。 | ||
| (二) | 持居留證之港澳居民或大陸地區人民： | ||
| (1) | 持「多次入出境證」通關，透過護照機讀取辨識。 | ||
| (2) | 生物特徵識別(臉部辨識與指紋辨識)。 | ||
自動通關查驗系統是結合「無線射頻辨識」（RFID）及「生物特徵辨識」兩項科技的入出境旅客通關檢查設施。旅客在通關時，該系統會現場擷取旅客的生物識別特徵資料，像是臉部影像，並同時讀取旅客晶片護照內原本儲存持照人的數位臉部影像進行比對。
自動通關查驗系統也可與移民機關先前所存檔持照人相片比對，以確認通關的旅客與晶片護照原持照人是否為同一人，大幅縮短旅客出入境時間。