1898年,第四代台灣總督兒玉源太郎起用後藤新平為台灣總督府民政局長,這個職位的權力僅次於台灣總督,後藤新平做了八年零八個月。由於兒玉源太郎很忙,除了台灣總督之外,還兼任內閣官職,因此後藤新平是實際上的台灣總督。在50年的日據時代,對台灣有影響的日本人當中,後藤新平可說排名第一。
後藤新平尊重台灣舊習慣。解決完抗日游擊隊和鴉片兩個問題後,後藤新平接著進行土地調查。台灣的土地所有權非常複雜,有大租戶(墾首)、小租戶、(墾戶)、佃農(佃戶),而且有許多隱田。接下來,後藤新平著力的是道路、鐵路、港灣等交通建設。接著,後藤新平實施的是建設基隆港與充實衛生設備。後藤新平開始改良甘蔗品種、改善耕作方法(特別是獎勵施肥)。在一般傳統社會,要農民採取新方法不是一件容易的事,後藤新平便用補助金方式來「利誘」。今天的縱貫鐵路,絕大部分就是在後藤新平的任內所完成的。在台灣林業史上曾經扮演重要角色的阿里山森林鐵路,也是後藤新平主導興建的。到了1904年,台灣財政已可完全自主,無須日本中央在行補貼,甚至一些公共建設還比日本內地還要先進,例如當時的台北地下水道覆蓋率是亞洲第一。
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