法定預算案雖與法律案訂定程序相同，均由立法院三讀通過並經由總統公布，惟法律案拘束的對象是全國人民及行政機關，法定預算案拘束的對象只有行政機關，故法定預算案又稱為「措施性法律」(釋字391參照)。因此行政機關再運用預算時，得視其必要刪減或停止法定預算中之一部份，其刪減或停止是否違憲，需視個案而定。以下就法定預算執行之審議，說明立法院之議案審議，應依據何種標準，並如何進行審議程序:
一、法定預算執行之審議標準
(一)法定預算案得由行政機關停止執行:若預算之刪減非屬國家重要政策並符合預算法規範，行政機關得刪減預算或停止該法定預算的執行。
(二)法定預算不得停止執行:法定預算停止執行關係到機關存亡者，其所為停止執行為法所不允許。
(三)法定預算停止執行需由立法機關審議:行政機關若因施政方針或刪減涉及國家重要政策，基於其停止執行或刪減法定預算則須由立法院審議。
二、立法院審議預算之程序:
(一)預算案審議需經立法院三讀程序:
1.立法院職權權行使法第7條:立法院依憲法第六十三條規定所議決之議案，除法律案、預算案應經三讀會議決外，其餘均經二讀會議決之。
(二)立法院職權行使法第17條(重要事項應受備詢):
1.行政院遇有重要事項發生，或施政方針改變時，行政院院長與有關部會首長應向立法院提出報告，並備詢。
2.前項事項發生時，如有立委提議，15人以上連屬或覆議，經院會議決，亦得邀請行政院院長與有關部會首長向立法院提出報告，備詢。
綜上，法定預算案規範了行政機關運用預算的方式，依照司法院釋字520號解釋意旨，行政機關刪減、停止運算之執行，涉及國家重要事項或者是施政方針時，基於尊重立法機關的職權，勢必需要由行政院院長或有關部會首長向立法院提出報告、備詢，以落實權力分立原則。
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