實際施工人與發包人之間不存在合同關係，因此，要求發包人對實際施工人承擔支付工程款的責任，有違合同的相對性原則。但其並非獨創性的、孤立的規則，而是合同法領域的代位權制度在建設工程施工合同領域的具體應用。因此在舉證責任的分配問題上，必然要受到代位權制度中舉證責任分配的影響。
所謂代位權， 是指債務人怠於行使其對第三人享有的權利而損害其債權人的債權時，債權人為保全其債權，可以自己的名義代為行使債務人對第三人的到期債權的權利。代位權的成立要件有三：
1、債權人對債務人的債權合法。
2、債務人怠於行使其到期債權，對債權人造成損害。
3、債務人的債權已屆清償期。
因《最高人民法院關於審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》第二十六條第二款的宗旨是在既不損害發包人合法權益的情況下，又盡最大限度地保護實際施工人的合法權益，故人民法院在審理實際施工人與發包人之間的建設工程施工合同糾紛時，仍應以「誰主張誰舉證」為原則，以舉證責任倒置為例外。
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1、實際施工人應對其具備向發包人主張工程款的權利，即工程款代位求償權成立的基礎法律關係承擔舉證責任。首先需舉證證明其對債務人(即承包人)享有合法的到期債權，其次實際施工人需證明承包人未履行支付工程款的義務，再次實際施工人需舉證證明承包人對發包人享有合法的工程款債權。
2、在建設工程施工糾紛中，「合法的到期債權」即指工程款已經由雙方結算完畢且支付工程款的期限已經屆滿。因實際施工人與承包人之間系合同相對方，故實際施工人應當舉證證明其與承包人之間的工程款已經結算且逾履行期。而對於承包人與發包人之間的的工程款是否已經結算，仍應由實際施工人承擔舉證責任。因為實際施工人系基於代為求償的原則突破合同相對性要求發包人承擔責任，因此不宜因實際施工人難以對發包人和承包人之間的合同關係舉證的客觀事實，而將工程款是否結算的舉證責任分配給發包人。
如果這樣認定將可能損害發包人的合法權益，違背了司法解釋的制定初衷。在實際施工人能夠證明承包人與發包人之間的工程款已經結算的情形下，對於該工程款的付款期限是否屆滿的舉證責任應倒置為由發包人承擔。因實際施工人在無法獲取承包人與發包人之間合同條款的情形下，難以證明結算後的付款期限是否屆滿，而發包人作為合同的持有人，在實際施工人起訴後可以其與承包人之間的合同抗辯付款期限尚未屆滿，故由發包人承擔其對於承包人的工程款付款期限的舉證責任更為合理。
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3、在實際施工人已經對基礎法律關係的成立完成了證明責任後，發包人和承包人結算的事實已經查明的情況下，對「欠付工程價款範圍」的舉證責任不應再遵循「誰主張誰舉證」的原則，而應將舉證責任倒置為由發包人承擔舉證責任。因為發包人掌握著結算金額和已付款的證據，此時發包人應當對結算金額和已付款金額承擔舉證責任。若此時發包人拒絕舉證，根據民訴法司法解釋一百一十二條，人民法院可以認定實際施工人主張的內容為真實。而如果實際施工人對發包人欠付工程價款數額存有異議，則應對己方主張的欠付工程價款數額承擔舉證責任。
需要說明的是，在發包人與承包人之間就工程款進行了結算且支付逾期的情形下，若發包人舉證證明了其與承包人之間對於工程款是否欠付及欠付金額尚存爭議，法院不宜對發包人與承包人之間的建設工程欠款問題進一步進行審理《最高人民法院關於審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》第二十六條第二款所指的「欠付工程款」必須為發包人與承包人之間明確無爭議的工程款，實踐中即使經過結算，仍有其他因素影響發包人與承包人對於工程欠款的確認，而在雙方未經確認的情況下，若依據結算金額直接確定「欠付工程款」，則會損害發包人的合法權益。此外，發包人對其抗辯承包人的一切抗辯事由諸如不可抗力、訴訟時效等等，可以同樣對抗實際施工人，發包人對以上抗辯事由負舉證責任。
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