近年來，由於分子生物技術的發達，害蟲的鑑定方法不再侷限於形態 的鑑定;目前應用於鑑定害蟲之分子生物技術中，以聚合酶連鎖反應 (polymerase chain reaction, PCR)技術最為普遍被運用，PCR 技術應用上最關 鍵之要素為專一性引子對，一對可順利增幅出害蟲核酸物質上特異性片段 用以驗明正身之引子對，配合上 PCR 測試儀及適當的反應條件，即可在數 小時內完成鑑定工作。為提昇鑑定之效率與準確率，PCR 技術的應用更加 多元化，包括於反應物中至入多組之引子對，用以偵測兩種以上 PCR 產物
之 Multuplex-PCR 技術;或利用 PCR 技術中引子逢機性增幅測試物 DNA 片段，比對反應產物電泳分析圖譜差異，鑑定其類緣歸屬之 RAPD-PCR 技 術(逢機增幅多形性去氧核醣核酸，Random amplified polymorphic DNA); 亦或將 PCR 技術所增幅出之 DNA 片段再利用限制酶切割，經電泳分析後 比對其限制酶圖譜差異，用以判別是否為同族群或同種之 PCR-RFLP 技術 (聚合酶片段多形性分析，Restriction fragment length polymorphism)等。除了 PCR 技術外，目前應用在植物害蟲鑑定上之分子生物技術尚包括同功異構 酶型態分析(Isozyme patterns)、DNA 指紋技術(DNA fingerprinting)、微衛星 DNA(microsatellite DNA)或迷你衛星 DNA(minisatellite DNA)之應用、DNA 定序等。此外，目前已有專家針對特定植物害蟲研發建立特定種類害蟲之 專一性探針(probe)，日後可配合微陣列設備(microarray)及核酸微陣列點樣 系統(spotting system)製成可同時鑑定多種重要害蟲或同種不同生理小種之 基因晶片(DNA chip)。
然而以分子生物方法鑑定昆蟲種類，在樣本的保存條件上仍然有不同 程度的要求，多少也會造成鑑定實務上的一些困擾;加上昆蟲分類主要的 基礎仍仰賴傳統形態特徵;因此超微特徵的應用便成為介於兩者間另一個 可以考慮的方向。
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