外毒素(exotoxin): 是由革蘭氏陰性菌或是革蘭氏陽性菌代謝所生成的一種蛋白質。分為兩種特性,一個是腸毒素型像是Staphylococcus aureus所分泌的;另一種是神經毒素型,像是Clostridium botulinum所分泌的。
內毒素(endotoxin): 是由革蘭氏陰性菌的細胞壁上的酯多醣,藉由破壞細胞壁而流出於微生物外;特性是都會造成噁心、嘔吐、腹痛、腹瀉的主因。像是Escherichia coli O157H7。