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因設施內不受降雨影響，肥分不斷堆積，難以淋洗至下層。且水分蒸散時，土壤可溶性鹽類隨蒸散作用至土表積累，造成土壤鹽化。設施內氣體交換不易，可能產生氨氣或亞硝酸氣體累積造成毒害。若長期種植同作物，則易產生連作障礙。
耕作時可能有土壤鹽分高、海水倒灌、暴雨時易積水等問題。
可種植耐鹽作物，如冰花、海蘆筍等耐鹽作物，具高經濟價值且適地適種，並應合理化施肥避免土壤持續積累鹽分。預防海水倒灌或積水則可加高畦面，精準灌溉減少超抽地下水。