基於分子遺傳圖譜的數量性狀基因座定位法 (QTL mapping) 及基於連鎖失衡 (linkage disequilibrium, LD) 的關聯定位法 (association mapping)。數量性狀 基因座定位法需先建立高密度分子標誌遺傳圖譜, 以定位重要性狀之基因座,找出與基因緊密連鎖之 分子標誌,並檢測數量性狀基因座的位置及估算其 效應大小。關聯定位法又稱為關聯分析 (association analysis) 或連鎖失衡定位法 (LD mapping),是一種 利用不同基因座 (locus) 之對偶基因 (allele) 間的非 逢機關聯性(連鎖失衡),進行分子標誌與目標性狀 之相關性分析的方法。數量性狀基因座定位法適用 於全基因體的 QTL 定位,而關聯定位法主要針對特 定 QTL 作精準定位分析,兩者可以相互搭配,即先 由數量性狀基因座定位法初步定位 QTL,接續利用 關聯定位法對特定 QTL 做精密定位。
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