1. 作為「指標微生物」時需考慮的因素: 該微生物需與特定污染來源具有聯想性,意即其檢出時,就代表食品受到某方面的污染。 以水中檢測大腸桿菌為例,大腸桿菌是動物腸道內的正常菌相,當它出現在飲水中時,代表水源可能有糞便污染。 以及腸球菌屬作為冷藏、冷凍後的糞便污染指標菌,其性質同時接近大腸桿菌及低溫菌。 2. 作為「指標微生物」需要的特性: (1) 方便檢測,能在短時間內得出結果。 (2) 與特定污染腐敗菌或病原菌具有相關性,例如海水中的腸炎弧菌和創傷弧菌,兩者關係如兄弟一般形影不離。 (3) 容易與食品中其他的菌相分辨。 (4) 指標菌的生長需求和生長速率,與欲檢驗的病原菌接近一致。 (5) 致死速率最好與病原菌相似,但存活性最好較病原菌稍佳,至少能夠在實驗室環境下生存。(病原菌難測就是因為難以分離到體外甚至實驗室環境下培養與檢測)